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你不知道的实验小技巧

平时在实验室最常听到的一句话就是「实验为什么会是这样的呢」。然后仔细一查找原因,往往是由于操作上面的不认真,或是一些小小的细节没有注意到。

小编为大家整理了实验小技巧,希望对大家有帮助。

质粒 DNA 提取

提取质粒的时候,最后一步的酒精挥发很关键,基本上是其后续的酶切反应的决定性因素。所以这一步尽量挥发长一点时间,最好是空调吹热风,或是 37℃ 温箱放长一点的时间,我试过室温过夜,酶切很好。

Amp 浓度提高到 200 ug/ml,下班前接种,次日一早收获菌体,OD 虽然不高,质粒丰度却不一般。菌体量少些,操作体积(管数)也小(少)。

手提质粒,如果用氛氯仿和氯仿两步抽提,注意一下手法,严格按照参考书上面的操作的话,提出的质粒不比任何质粒提取试剂盒差,我感觉好像还好一点,我就用过一次试剂盒,比较了之后不如我手提的好,以后再也没用过了。

Western Blot

western blot 的时候,大家往往会摸索一抗、二抗的浓度,封闭时间,曝光时间等等,而每次变换其中的一个条件就需要重新跑胶、转膜,甚至重新提蛋白,这样会浪费大量的时 间。其实完全没有必要这样。一次转膜后,将 PVDF 膜晾干,裁减成小块,保存起来,用的时候取出一块,没有任何影响。这对于摸索条件的战友来说,节约了大量的时间。

western blot 转膜时,胶放在转膜缓冲液中一段时间,待胶在含有甲醇的缓冲夜中缩小的差不多后装好转膜装置,我的经验是把膜印在胶上直接在膜上画出预染 maker 条带,方便的很。因为很多时候跑电泳时胶上的预染 maker 很清楚,等转膜后就不是分辨的很清楚了。要注意画好预染 maker 后就不要使胶和膜发生对位移动了,以防 maker 失去参照价值。

器具的清洁非常重要,开始做前,为了安全,尤其是装胶的厚薄玻璃板,可以先用中性洗涤剂和自来水反复冲洗,确保无洗涤残液后用蒸馏水冲洗 2-3 遍,然后用去离子水冲洗一遍。最后用 95% 酒精再擦一遍后晾干备用。

配胶最好现用现配,先配下层胶(分离胶),后配上层胶(浓缩胶或积层胶),而且在临灌胶前加 APS 并迅速混匀,即用移液枪抽吸与注入1-2 次即可。

缓冲液和培养基配置

将缓冲液配方中的成分分别以 10-100 倍配成母液储存,需要的时候只需将相应的母液混合,补加水稀释即可;

培养基时通常会忘记各成分的量,如配 LB 时的三个成分不记得到底哪个是 5 g,哪个要 10 个,因此可以在常用的试剂瓶的标签上注明所需的量,如配 LB 时,在 NaCl 瓶外注明 10 g/L, yeast 5 g/L, tryton 10 g/L 等,很方便,不需要每次配之前临时翻书。

PCR

做克隆鉴定的时候经常需要在酶切鉴定前进行 PCR 鉴定,每次配制 PCR 反应液很繁琐,可以将其配置类似kit的形式,按你需要的反应体系列表,然后放大 100 倍配制 100×主反应液(100 次反应),其中含 buffer,Mg2+,dNTPs,但不含引物和 Taq 酶,然后可以 10× 分装或一管储存在-20℃,在需要的时候拿出融开,然后按所需的 PCR 反应个数吸取相应的倍数,再补加相应反应倍数的 Taq 和引物,混匀后分装。

这样做的好处如下:可极大的节省宝贵的时间,可早点收工,看球;避免每次反应加样不均的可能;大大减少 PCR 假阳性的产生。

酶切

如果是要做酶切,提质粒的最后一步最好是用水溶解 DNA,因为 TE 里面的离子会影响酶切的效率。

双酶切制备克隆插入片段的载体,最好选择带有外源片段的质粒,是否酶切完全,从电泳条带的分子量上可以比较明确地判断。空质粒单切完全和双切完全在分子量上差异不大。

做酶切时,也可以象 PCR 一样配制主反应液,每次反应前先列好反应的体系,算好需要的反应数,然后按所需反应的体系按所需反应数放大,加入 buffer、酶、水,质粒栏空缺,然后混合后按质粒 DNA 的体积分装,然后再在每管中加入相应体积的质粒 DNA 酶切。

这样做的好处如下,特别是当同时有十几个阳性克隆需要鉴定时尤为明显:各反应成分均一;可大大减少限制型内切酶的使用;节省时间。

大肠杆菌转化实验

时候第一天涂的转化平板、次日早晨转化子可能长成的菌落比较大(1~2 mm 以上,BL21 就长得快),下一步转化子做质粒鉴定。这个情况下可以直接挑取一块菌苔(勿带出培养基),50 ul 酚/氯仿悬浮菌体,放置两分钟,加 40 ul TE 抽提,上层 TE 吸出后再氯仿抽提一次,吸取上层 TE 即质粒提取液。提取的质粒可以直接用于电泳和酶切。这样操作,可以省去转接液体试管的培养步骤,至少节省 6~8 h的时间。但是,要在各步骤都控制得很好的情况下才能保证提取和酶切的效果,不同的实验室或者操作者未必能够很方便地重复。

转化时一定要做一个宿主菌的对照,即重组质粒涂板后再用宿主菌涂相应抗性的平板,以确定第二天长出来的克隆是否正确,我当时做了三次转化之后才发现不成功竟然是由于 BL21 可以在 Amp(+)的平板上面生长。

蛋白质的表达、分离、纯化

当蛋白大量的表达时,包含体的形成几乎是不可避免的,而且很难通过改变一些诱导条件来改变,最有效的办法就是换表达系统,所以如果时间还充分的话,可以尝试一下,如果时间较短了,还是安心的做包含体蛋白的处理,变性之后的蛋白通过一些方法复性率也可以达到 60% 以上。

细胞冻存和复苏实验

可以提前把需要的体积的培养液放到培养瓶里,拧松瓶盖,放到孵箱里半小时到 1 h,这样温度和 pH 值都已经最适合细胞生长了。

防止冻存管在升温时爆裂等,可以在放入水浴前就提前在超净台里把盖子拧松一下然后再拧上。从液氮罐里拿出来不是说一定要分秒必争地放入水浴。细胞从液氮的 零下100 多度升到比如 - 80℃ 这个过程对细胞没有损害。有足够的时间处理这些。只不过一旦细胞化了,就应该争分夺秒地把它放入培养液了,主要是为了稀释 DMSO。常温下高浓度 DMSO 对细胞的损害比较大。

水浴温度 40℃ 应该也没问题,但正规的 protocol 上从来都只说 37℃。反正应该相差不大,但不能太高了。另外,不必等细胞全化了再从水浴里取出来。只要冰块浮起来了就差不多了。我一般最多水浴不超过 1.5 min。然后经过喷酒精消毒什么的差不多又半分钟过去了。每次都还有没化的。先把已经融解的部分吸到培养瓶里,再从培养瓶里吸些培养液到冻存管里,余下的 冰块瞬间就化了,再一起吸到培养瓶里。

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